Figlio di Filippo d'Asburgo (1478–1506) e di Giovanna di Castiglia (1479–1555), Ferdinando era fratello del suo predecessore sul trono imperiale, Carlo V, il quale conferì al fratello importanti incarichi di gestione sul fronte orientale dell'immensa compagine sottoposta alla propria autorità, con particolare riguardo ai territori tedeschi (entrò in possesso dell'Alta e della Bassa Austria, di Stiria, Carinzia, Carniola, Tirolo e Württemberg) e alla risoluzione del pericolo turco.