Ferdinando Carlo era figlio di Carlo II Gonzaga-Nevers e di Isabella Clara d'Austria. Ferdinando Carlo successe tredicenne al governo di Mantova nel 1665, in seguito alla morte del padre. La madre Isabella Clara assunse la reggenza in attesa che il figlio raggiungesse la maggiore età (1669). Grazie ai buoni uffici della zia Eleonora Gonzaga-Nevers, vedova dell'imperatore Ferdinando III d'Asburgo, il giovane duca sposò nel 1671 Anna Isabella Gonzaga di Guastalla, che gli portò in dote i suoi diritti sul ducato guastallese e sui feudi di Luzzara e Reggiolo, già in passato al centro di una feroce disputa tra i due rami della dinastia.