Federico Borromeo (talvolta indicato come Francesco Federico o Federigo), nacque il 18 agosto 1564, figlio di Giulio Cesare Borromeo e di Margherita Trivulzio. Suo padre morì quando egli aveva appena tre anni ed a lungo risentì l'influenza del cugino cardinale Carlo Borromeo (1560) il quale fu sua guida spirituale e lo instradò alla carriera ecclesiastica. Egli era inoltre cugino del cardinale Guido Luca Ferrero (1565) ed era imparentato con papa Sisto V e con i cardinali Alessandro Farnese (1534) e Mark Sittich von Hohenems (1561).