Die estnische Fußballnationalmannschaft, geführt von der Eesti Jalgpalli Liit (dt.: Estnischer Fußballverband; engl.: Estonian Football Association), kurz EJL, absolvierte ihr erstes Spiel im Jahre 1920. 1940 wurde Estland von der Sowjetunion annektiert, verlor die Unabhängigkeit und damit die Möglichkeit auf eine eigene Fußballnationalmannschaft. Nach Wiedergewinnung der Unabhängigkeit 1991 bestritt die Nationalmannschaft ihr erstes Spiel gegen Litauen im Baltic Cup am 15. November 1991. Ihr erstes von der FIFA anerkanntes Spiel absolvierten sie am 3. Juni 1992 gegen Slowenien mit einem 1:1-Unentschieden in Tallinn. Bis dato konnte sich Estland weder für eine Europameisterschaft- noch eine Weltmeisterschaftsendrunde qualifizieren.