Thommen nato a Basilea, nel 1922 diventa presidente del Basilea Comunale Football Association. Dal 1938 al 1967 ha guidato lo Swiss Sports Toto Society. Dal 1947 al 1954 presidente dell'Associazione Svizzera di Football. Thommen membro della FIFA dal 1950-1962, nel 1954 diventa vicepresidente FIFA. È stato anche responsabile del comitato organizzatore della Coppa del Mondo di calcio nel 1954, 1958, 1962  e dal 25 marzo al 28 settembre del 1961 Ernest diventa presidente della FIFA.