Eraclio era figlio di Epifania, di famiglia cappadoce, e del potente esarca di Cartagine Eraclio il Vecchio, di origine armena. Il padre di Eraclio era stato uno dei generali più importanti, sotto l'imperatore Maurizio, durante la guerra del 590 contro i Persiani. Sappiamo dalle cronache del tempo che Eraclio era un uomo atletico (secondo Fredegario combatteva i leoni) e aveva i capelli biondi.