Elisabetta era figlia di Odoardo II Farnese, duca di Parma, e di Dorotea Sofia di Neuburg. Non era una bellissima donna perché il suo viso era stato in parte deturpato dai segni di un vaiolo infantile, tuttavia riuscì a conservarsi piacente. Aveva un carattere fermo, deciso ed ambizioso; gli autori dell'epoca ne elogiarono anche la perspicacia e l'intelligenza. La rigida educazione cui la sottopose la madre non ne modificò gli aspetti caratteriali.