Brees foi selecionado seis vezes para o
Pro Bowl em sua carreira – com os Chargers em
2004 e com o Saints em
2006,
2008,
2009,
2010 e em
2011. Ele foi eleito
NFL Comeback Player of the Year em 2004, e também foi eleito duas vezes jogador ofensivo do ano em 2008 e 2011 e MVP do
Super Bowl XLIV.