Nato in Sicilia, ad Agira: il suo traduttore inglese, Charles Henry Oldfather, infatti sottolinea la "singolare coincidenza" che una delle uniche due note iscrizioni greche di Agyrium (IG XIV, 588) è la pietra tombale di un "Diodoro, il figlio di Apollonio". Girolamo scrive che Diodoro fiorì (cioè ebbe 40 anni) nel 49 a.C. e questa data pare confermata dalle stesse parole dello storico greco. Il più antico tratto autobiografico che egli segnala nella sua opera è il suo viaggio in Egitto durante la 180ª Olimpiade (fra il 60 e il 56 a.C.). In quell'occasione egli fu testimone della rabbia della gente che chiedeva la pena di morte per un cittadino romano reo di aver ucciso accidentalmente un gatto, animale sacro agli Egizi (Bibliotheca historica, 1, 41 e 1, 83). Il dato storico più recente invece è la menzione della vendetta di Ottaviano sulla città di Tauromenion, colpevole di avergli rifiutato l'aiuto che sarebbe stato necessario ad evitare la disfatta sul mare attorno al 36 a.C. Poiché Diodoro sembra non sapere che l'Egitto diventò una provincia dell'Impero romano - il che avvenne nel 30 a.C. - è presumibile che egli abbia scritto la sua opera prima di quella data.