Cryptochrome (von griechisch κρυπτός, kryptós, „verborgen“ und χρωμα, chróma, „Farbe“) sind 50–70 kDa schwere Flavoproteine, die als Fotorezeptoren für blaues Licht fungieren können. Sie wurden erstmals 1993 in Pflanzen identifiziert und seitdem auch in Bakterien und Tieren gefunden. Sie enthalten zwei nicht kovalent gebundene Chromophore, das Flavin-Adenin-Dinukleotid (FAD) und einen lichtsammelnden Kofaktor. Sie spielen eine Rolle bei der Aufrechterhaltung der circadianen Rhythmik bei Tieren und Pflanzen und bei der Magnetorezeption – der Wahrnehmung des Erdmagnetfeldes bei Tieren.