Cada comuna é governada por um órgão eleito por sufrágio universal ou município (Municipalidad), constituído por um prefeito (alcalde) e um grupo de Conselheiros (concejales), por um período de quatro anos. Segundo a lei chilena, um único município pode administrar uma ou mais comunas. Atualmente, o único caso é o município de Cabo de Hornos, que administra as comunas de Antártica e Cabo de Hornos. As 346 comunas do Chile estão agrupados em 54 províncias, que, por sua vez, são agrupadas em 15 regiões.