A ideia de um comando unificado de operações especiais teve suas origens após a Operação Eagle Claw, uma desastrosas tentativa de resgate de reféns na embaixada estadunidense em Teerã, no Irã, em 1980. A investigação que se seguiu, presidido pelo almirante James L. Holloway III, um chefe aposentado de Operações Navais, citou a falta de comando, controle e coordenação inter-serviços como fatores importantes no fracasso dessa missão. Desde a sua ativação em 16 de abril de 1987, o Comando de Operações Especiais tem participado de muitas operações, desde a invasão do Panamá, em 1989, até a atual guerra global contra o terrorismo.

O USSOCOM conduz diversas missões secretas e clandestinas, tais como a ação direta, reconhecimento especial, contraterrorismo, defesa interna estrangeira, guerra não convencional, guerra psicológica, assuntos civis e operações de combate às drogas. Cada ramo tem um Comando de Operações Especiais que é o único e capaz de executar suas próprias operações, mas quando as diferentes forças de operações especiais precisam trabalhar juntas para uma missão, o USSOCOM torna-se o comando componente comum da operação, em vez de um comando de um ramo específico das forças armadas do país.