Em 599 entrou em guerra contra seus primos, Teodorico II da Borgonha e Teodeberto II da Austrásia, que o derrotaram em Dormelles. A partir daí, no entanto, os dois irmãos entraram em guerra entre si. Em 605, ele invadiu o reino de Teodorico, mas não o subjugou. Clotário manteve o estado de guerra com Teodorico até este morrer em Metz em 613, enquanto preparava uma campanha na guerra entre eles. Nesse momento, Warnachar, prefeito do palácio de Austrásia, e Rado, prefeito do palácio da Borgonha, abandonaram a causa de Brunilda e de seu bisneto, Sigeberto II, e o reino inteiro foi entregue nas mãos de Clotário. Brunilda e Sigeberto encontraram o exército de Clotário em Aisne, mas o patrício Aleteu, o duque Rocco e o duque Sigivaldo abandonaram seu senhor e sua bisavó, levando seu rei a ter que fugir.

Nesse ano (613), Clotário II tornou-se o primeiro rei de todos os francos desde seu avô Clotário I morto em 561 por ordenar a morte de Sigeberto II (filho de Teodorico), a quem Brunilda tinha tentado colocar no trono de Austrásia e da Borgonha, causando uma rebelião entre os nobres. Isto levou à entrega de Brunilda a Clotário e seu desejo de vingança levou sua temível tia à prolongada agonia da tortura por três dias, antes de uma morte horrível, acorrentada entre quatro cavalos que foram açoitados em quatro direções, rasgando o seu corpo.