Nacque a Fano da Silvestro Aldobrandini, avvocato, e Lisa Donati, ultimo di otto figli. Fu battezzato il 4 marzo nella cattedrale di Fano. La data di battesimo è importante perché alcune fonti sostengono che sia nato nel 1535, ma sembrerebbe difficile che all'epoca si fosse aspettato più di un anno per battezzare un bambino. Il padre era fiorentino: attivo in politica, si trasferì con la famiglia nello Stato Pontificio dopo che il suo partito fu sconfitto da Cosimo I de' Medici, che salì al potere. A Fano fu nominato luogotenente del governatore della città.