Uma cifra de substituição contrasta com uma cifra de transposição. Nestas últimas, as unidades do texto a cifrar são rearranjadas numa ordem diferente e habitualmente complexa, mas não modificadas. Por contraste, numa cifra de substituição, as unidades do texto são mantidas na mesma ordem, mas elas próprias são alteradas.

Existem diversos tipos de cifras de substituição. Se a cifra opera com letras isoladas, é denominada cifra de substituição simples. Se opera com grupos de letras chama-se cifra de substituição poligráfica. Uma cifra monoalfabética usa uma só substituição fixa na mensagem inteira, enquanto uma cifra polialfabética usa mais que uma. Uma cifra pode ainda recorrer a homófonos quando uma unidade de texto pode mapeada em mais que uma possibilidade distinta.