Perrault nacque in Francia il 12 gennaio 1628 da famiglia alto-borghese, vicina alla Corte di Francia, numerosa e adeguatamente facoltosa: tra gli altri, vale la pena ricordare il padre Pierre Perrault, avvocato al parlamento di Parigi, e il fratello Claude Perrault, medico e architetto, cui si deve la facciata del Louvre. Charles aveva anche un fratello gemello, François, che però morì a soli sei mesi. Frequentò le migliori scuole e studiò legge, trovando poi lavoro nei servizi statali. Prese parte alla creazione dell'Accademia delle Scienze e al restauro dell'Accademia della Pittura.