Secondo i realisti, Carlo divenne re il 30 gennaio del 1649 quando suo padre, Carlo I Stuart, fu decapitato dinanzi alla residenza reale, il Palazzo di Whitehall. Tuttavia il Parlamento si rifiutò di proclamare Carlo Re e in Inghilterra ebbe inizio il periodo repubblicano, sotto il Protettorato di Oliver Cromwell, che divenne Lord Protettore del Commonwealth britannico. Al contrario, il Parlamento di Scozia nominò Carlo Re di Scozia il 5 febbraio 1649 nella città di Edimburgo. Fu incoronato Re di Scozia presso Scone il 1º gennaio 1651. Dopo la battaglia di Worcester del 3 settembre 1651 fu costretto a lasciare l'Inghilterra e si rifugiò per i nove anni che seguirono tra Francia, Repubblica delle Province Unite e Paesi Bassi del Sud.