Das Berliner Urstromtal entstand als Teil des Warschau-Berliner-Urstromtals am Ende der letzten Eiszeit, der Weichseleiszeit, vor rund 18.000 Jahren. Es war die Entwässerungsbahn der Schmelzwässer des Inlandeises zur Zeit der Frankfurter Eisrandlage, die etwas nördlich und nordöstlich von Berlin verläuft. Zusammen mit dem weiter südlich gelegenen Baruther Urstromtal bildete es sich im Brandenburger Stadium der Weichseleiszeit heraus. Auch wenn es seine Hauptformung während der Frankfurter Eisrandlage erfuhr, diente es auch noch beim weiteren Rückschmelzen des Inlandeises als Entwässerungsbahn in Richtung Nordseebecken.