A principal divisão política e ideológica durante este período foi entre os ishin shishi, pró-imperialista (patriotas nacionalistas), um nacionalismo emergente anti-ocidental, que cresceu entre os Tozama daimyo (senhores de fora) e as forças do xogunato, incluindo a elite Shinsengumi, que ocorreu após chegada do Comodoro Matthew Perry à costa japonesa.

Embora esses dois grupos fossem os poderes mais visíveis, muitas outras facções tentaram usar o caos do Bakumatsu para tomar o poder pessoal. Além disso, havia outras duas principais forças motrizes para a dissidência: o ressentimento, a primeira crescente por parte dos tozama daimyo (ou senhores de fora), e o segundo, o crescente sentimento anti-ocidental após a chegada de Matthew C. Perry. O primeiro se refere aos senhores que tinham lutado contra as forças de Tokugawa, na Batalha de Sekigahara (em 1600) e foram daquele ponto em diante excluídos permanentemente de todas as posições de poder dentro do shogunato. O segundo era expresso na frase Sonnō jōi ou "reverenciar o Imperador, expulsar os bárbaros".