In biologia ed in biogeografia, una specie autoctona di una data regione è una specie che si è originata ed evoluta nel territorio in cui si trova. Non va confusa con la naturalizzata, una specie alloctona ormai caratterizzata da popolazioni che si autosostengono, o indigena, una specie che non si è evoluta nella zona in cui è presente ma vi si è stabilita da molto tempo, per azione dell'uomo, tanto da presentare variazioni ed adattamenti particolari in risposta al nuovo ambiente. Ulteriore distinzione va fatta per la specie endemica, particolare categoria di autoctona, caratterizzata da un areale molto ristretto e localizzato, come il tritone sardo, endemico della Sardegna.