Autoantikörper (Abkürzung: AAk) sind Antikörper, die ein körpereigenes Antigen binden. Autoantikörper sind ein charakteristisches Merkmal von Autoimmunerkrankungen, sind aber beispielsweise auch nachweisbar bei Krebs oder bei Krankheiten, die mit einem chronischen Verlust an Körperzellen verbunden sind. Sie können dabei entweder an der Entstehung der Erkrankung ursächlich beteiligt sein, den Verlauf beeinflussen oder aber nur als Begleitphänomen ohne Relevanz für das klinische Bild auftreten. Für eine Reihe von Autoimmunerkrankungen ist die Rolle der identifizierten Autoantikörper umstritten oder noch nicht vollständig geklärt.