A controvérsia sobre a autoria dos bombardeios por parte do governo surgiu depois que os dois principais partidos políticos da Espanha — Partido Socialista Operário Espanhol (PSOE) e o Partido Popular (PP) — acusaram-se mutuamente de ocultar ou distorcer evidências por razões eleitorais. Os atentados ocorreram três dias antes das eleições gerais em que o PP, liderado por José María Aznar, foi derrotado. Imediatamente após o atentado, os líderes do PP alegaram evidências indicando a organização separatista basca Euskadi Ta Askatasuna (ETA) como a culpada pelos atentados.

No entanto, depois que uma conexão com o fundamentalismo islâmico foi estabelecida, o governo do PP colocou a Espanha na Guerra do Iraque, uma política extremamente impopular entre os espanhóis. Manifestações e protestos nacionais pediram ao governo para dizer a verdade. A visão predominante entre os analistas políticos é que a administração Aznar perdeu as eleições gerais por tentar manipular a responsabilidade dos ataques terroristas, e não pelos atentados em si.