Assimilation (lat.  ‚Angleichung‘, ‚Eingliederung‘) ist der Stoff- und Energiewechsel, bei dem aufgenommene, körperfremde Stoffe - meistens unter Energiezufuhr - in körpereigene Verbindungen umgewandelt werden. Es werden also Stoffe aus der Umwelt in Bestandteile des Organismus umgewandelt. Dabei wird je nach Betrachtungsweise zwischen Kohlenstoff-, Stickstoff-, Schwefel-, Phosphat- und Mineralstoff-Assimilation unterschieden. Dissimilation bezeichnet den umgekehrten chemischen Stoffwechsel.