Questo ramo della famiglia degli Asburgo, viene chiamato di Spagna o spagnolo, per distinguerlo dal ramo austriaco. I due rami ebbero inizio nel gennaio 1556 con l'abdicazione di Carlo V e la suddivisione dei suoi domini fra il figlio Filippo II e il fratello Ferdinando I. Spagna e Francia erano allora esauste per le lunghe guerre (nel 1557 fecero entrambe bancarotta). La guerra fu risolta dalla battaglia di San Quintino, in Francia, in cui le truppe spagnole ebbero la meglio. Dopo la vittoria sui francesi furono avviate le trattative di pace, che si conclusero nel 1559 con la pace di Cateau-Cambrésis; tale accordo, sancì la supremazia spagnola in Europa, e in Italia. Durante il regno di Filippo II si verificarono molte guerre, soprattutto nei Paesi Bassi, ma si svilupparono anche la cultura e l'arte. Filippo II cercò anche di ottenere una maggiore compattezza politica perseguitando le minoranze religiose. A questo scopo ristabilì l'inquisizione spagnola, con l'obiettivo di identificare i mori e gli ebrei, che avevano simulato la conversione al cristianesimo per evitare l'espulsione. Dato il contrasto militare in corso con l'impero turco, la presenza in Spagna di circa 300.000 moriscos, ancora profondamente legati alla cultura araba, costituiva un problema politico. Filippo II mise in atto diverse misure per ottenere la loro ispanizzazione, ad esempio proibendo l'uso della lingua araba (1564). Nel 1568-1570, però, dovette reprimere la rivolta di 30.000 moriscos armati. Filippo II affrontò due importanti guerre, che cambiarono il corso della storia; la prima fu quella di indipendenza olandese, nella quale i Paesi Bassi si divisero per sempre in Repubblica delle Sette Province Unite e Paesi Bassi meridionali spagnoli (approssimativamente corrispondenti al futuro Belgio ), che rimasero sotto il controllo spagnolo fino al 1700. L'assassinio del re di Francia nel 1589 e il coinvolgimento della Spagna nella guerra civile, che ne seguì, determinò un'altra lunga guerra contro Francia, Inghilterra e Sette Province. La seconda guerra venne combattuta sui mari contro l'Inghilterra, il cui sviluppo marinaro insidiava la potenza spagnola nelle americhe. Essa terminò nel 1588 con la sconfitta dell'invincibile armata spagnola; questa sconfitta segnò l'inizio del declino della Spagna, che mezzo secolo prima era egemone in Europa e nelle Americhe. Gli Asburgo di Spagna, parteciparono anche alla battaglia di Lepanto (10 agosto 1571), nella quale una potente flotta cristiana sconfisse la flotta turca.