A separação entre os domínios Bacteria e Archaea deu-se na década de 1970, quando o microbiólogo Carl Woese (1928-2012) verificou que ao comparar as sequências de RNA ribossómico de várias espécies era possível separá-las em três grupos distintos. Apesar do nome (Archaea em grego significa “antigo”), este não significa que as Archaeas sejam mais semelhantes aos organismos primitivos do que as Bactérias ou os Eucariotas. Woese decidiu atribuir o nome Archaea a este domínio para fazer sobressair a sua natureza mais primitiva relativamente aos Eucariotas .

Originalmente o termo Archaebacteria (do grego: bactéria primitiva; ) era usado para descrever esses organismos, e o termo Eubacteria (do grego: bactéria verdadeira; ) era usado para os demais seres procariotas. De modo a ressalvar as diferenças existentes entre estes dois domínios, o nome Archaebacteria é desaconselhado. A tendência atual, devido às diferenças estruturais, é utilizar Bacteria ("bactéria" em grego) apenas para os antigos Eubacteria, ajustando-se os nomes. O Archaea pode ser tratado como um reino, dentro do domínio Procariota, ou como um domínio. Alguns autores ainda classificam o Archaea como um sub-reino dentro do Reino Monera.