A máquina representou uma mudança radical em relação aos Apple II anteriores, com uma verdadeira arquitetura de 16 bits, velocidade de processamento aumentada, acesso direto a megabytes de memória RAM, placa de som embutida, GUI e mouse. Embora ainda totalmente compatível reversamente com os modelos anteriores da série, misturava características do Apple II e do Macintosh numa só máquina. O Apple IIGS representou um vislumbre dum futuro promissor para a linha Apple II, mas a Apple não lhe deu a devida atenção, visto que os interesses da empresa estavam cada vez mais direcionados para a plataforma Macintosh.

O Apple IIGS foi o primeiro computador fabricado pela Apple a usar uma GUI colorida, bem como o esquema de cores "Platinum" (cinza claro) e a interface Apple Desktop Bus para teclados, mouse e outros dispositivos de entrada. Foi também o primeiro computador pessoal a apresentar um chip sintetizador com "wavetable" embutida, utilizando tecnologia licenciada pela Ensoniq (o que lhe valeu um processo judicial movido pela Apple Records dos Beatles). Durante seu primeiro ano de produção, as vendas da máquina ultrapassaram as de todos os outros modelos da Apple, inclusive do Macintosh.