Os trabalhos do APG iniciaram-se em 1998, com a publicação da primeira árvore filogenética abordando os grandes grupos de Angiospermas, baseados em seqências genéticas, principalmente de genes como rbcL e atpB. Neste primeiro trabalho, os pesquisadores detectaram um monofiletismo entre as Monocotiledôneas, mas observaram serem as Dicotiledôneas um grupo parafilético. Dois clados distintos encontravam-se situados na base da árvore filogenética: as chamadas Paleoervas, por serem basicamente famílias de espécies herbáceas; as Magnoliideae, famílias predominantemente arbóreas relacionadas a Magnoliaceae. O restante das Dicotiledôneas foi denominado Eudicotiledôneas. Posteriormente notou-se a relação entre as Paleoervas, Magnoliideae e Monocotiledôneas, por possuírem grãos de pólen monossulcados, enquanto as Eudicotiledôneas possuíam pólen primariamente trissulcado.

Desde então, a classificação proposta pelo APG se alterou grandemente em certos aspectos, e as dificuldades de nomenclatura fizeram até mesmo com que alguns táxons tradicionais, nomes havia muito esquecidos, como Urticinae, voltaram a ser propostos. A organização da árvore filogenética entre monossulcados e trissulcados caiu na medida em que novos dados, sobretudo morfológicos, anatômicos e fitoquímicos, além de novas seqüências de genes, passaram a ser acrescentados. A posição das Angiospermas mais primitivas também mudou muito, e famílias como Amborellaceae e Nymphaeaceae se alternaram na posição mais basal da árvore.