Seu pai era o historiador Berndt Phillip Baader, que, em 1945, durante a Segunda Guerra Mundial, servia o exército alemão quando foi feito prisioneiro pelas forças russas, e posteriormente dado como desaparecido. Sua mãe, Anneliese Baader não voltou a se casar. Andreas foi criado com carinho pela mãe, juntamente com a avó e uma tia. Na opinião dos seus professores, era uma criança inteligente, mas também voluntariosa, um tanto imprevisível, e não se empenhava nos estudos quando a matéria não o atraía. Ao mesmo tempo que era generoso, capaz de tirar seu próprio agasalho e dá-lo a alguém que estivesse com frio, também era capaz de furtar, se estivesse precisando de dinheiro. Também se envolvia frequentemente em brigas, nem sempre em defesa dos próprios interesses.

Na adolescência considerado como um jovem desajustado, na conservadora sociedade alemã de após guerra; no final dos anos sessenta Baader gravitou para o movimento estudantil de esquerda e para os protestos contra o capitalismo, a pobreza no Terceiro Mundo, o nuclear a ocupação estadunidense do país, que agitavam a Alemanha Ocidental na altura, embora ele próprio não fosse estudante universitário.