明治六大教育家の1人である新島襄によって1875年に創立された同志社英学校を前身とする大学である。キリスト教プロテスタント系の会衆派教会（組合教会）の流れをくむが、いわゆるミッションスクールとは性質が異なり、キリスト教伝道を主たる目的としない（教育そのものを伝道の手段としない）。