分子人類学（ぶんしじんるいがく、molecular anthropology）とは人類学の一分野。分子生物学を人類研究に応用して、ヒト集団の遺伝的系譜やその多様性、疾患との関連性を議論する場合が多い。広義の自然人類学に含めることがあるが、形質人類学には内包されない。