מאז פתיחתה, מהווה התעלה נתיב מרכזי בספנות הבינלאומית. מדי שנה עוברות בתעלה יותר מ-14,000
ספינות, הנושאות יותר ממאתיים מיליון טונות סחורה. מפתיחתה ועד לסוף שנת 2002 עברו בתעלה יותר מ-800,000 ספינות שונות. התעלה מספקת כ-80% מהכנסותיה של פנמה באופן ישיר או עקיף.