מקור השיפון בזן בר אשר בוית במזרח אסיה הקטנה. במספר אתרים מתקופת האבן החדשה באזור זה נמצאו עדויות לביות של שיפון, אך עדויות לביות מסודר וקבוע של שיפון הן מאוחרות יותר, בתקופת הברונזה במרכז אירופה. ייתכן והשיפון נע מערבה כחלק מתערובת דגנים, וגודל באופן ייחודי רק מאוחר יותר. קיימים גם ממצאים מתל אבו חוריירה (אתר מהתקופה האפיפלאוליתית) המצביעים על שימוש בשיפון, אך קיימת מחלוקת לגביהם: גם לגבי התיארוך וגם לגבי העובדה כי הממצאים מתבססים על גרעינים בלבד, ללא מוץ.

ממצאים מן התקופה הרומית באירופה מעידים על שימוש בשיפון, אך פליניוס הזקן מתאר אותו כ"אוכל עלוב שיש לצרוכו רק על מנת להימנע מגוויעה ברעב" וכי נהוג לערבב אותו עם חיטה על מנת למתן את טעמו המר "אך גם אז הוא אינו נעים לקיבה". מאז ימי הביניים נעשה שימוש קבוע בשיפון כמרכיב בלחם בצפון-מרכז אירופה (ממזרח לגבול גרמניה - צרפת וצפונית להונגריה).