הנושאים העיקריים ביצירתו של היינליין היו נושאים חברתיים: אינדיבידואליזם רדיקלי, ליברטריאניזם, דת, היחס שבין מעשה האהבה הפיזי לרגש האהבה, ויחסי משפחה בלתי מקובלים. דעותיו, אשר קראו תיגר על הדעות המקובלות בחברה האמריקנית בת זמנו, הובילו לפרשנויות שונות וסותרות של יצירתו. כך, למשל, יצירתו משנת 1959 "לוחמי החלל" (יצאה בעברית בהוצאת כתר, בתרגום עמנואל לוטם בשנת 1994) נראית בעיניהם של רבים כנגועה בפשיזם, ואילו ספרו "גר בארץ נוכריה" (יצא בעברית בהוצאת כתר, בתרגומה של דפנה לוי, בשנת 1990), אשר נכתב כמעט בה בעת, בשנת 1961, הוביל להכתרתו בתואר הבלתי צפוי ה"חלילן מהמלין" של המהפכה המינית של שנות השישים, ושל תרבות הנגד.

השפה האנגלית קיבלה מספר ביטויים מספריו, לרבות הפועל "לגרוק" (Grok) הלקוח מספרו "גר בארץ נוכריה", שמשמעותו "להבין עד כדי כך שמושא התצפית הופך לחלק מן הצופה". הוא השפיע רבות על סופרים רבים בתחום המדע הבדיוני שבאו אחריו, ורבים ניסו לחקות את האופן הקליל לכאורה, שבו שילב מרכיבים חברתיים רדיקליים ותפישות מדעיות ספקולטיביות עם כישרון יוצא דופן לספר סיפור מרתק.