למרות הבחנה זו, בעת מלחמה עשוי ההבדל שבין אוניות מלחמה לאוניות סוחר להיטשטש. בעת מלחמה מורכב לעתים חימוש על אוניות סוחר, והן עשויות לשמש כאוניות עזר, כפי שהיו אוניות Q במלחמת העולם הראשונה, או אוניות סוחר חמושות ששימשו אף כנושאות מטוסים קלות במלחמת העולם השנייה. עד המאה ה-17 היה מקובל לגייס אוניות סוחר לשירות מלחמתי, ולעתים היה צי המלחמה מורכב ממספרים גדולים של אוניות סוחר מגויסות, יותר מחצי מעוצמתו. אוניות סוחר כמו גליאונים נשאו חימוש גם שלא בעת מלחמה, כדי להתמודד עם איום מצד שודדי ים. מאידך, באוניות מלחמה נעשה לעתים שימוש המתאים יותר לאוניית סוחר, בעיקר לצורך הובלת גייסות. שימוש כזה נעשה על ידי הצי הצרפתי במאה ה-18, ועל ידי הצי הקיסרי היפני במהלך מלחמת העולם השנייה.