קיימים סוסים טרויאניים שתפקידם לתת הרשאות למשתמש אחר להיכנס למחשב הנפגע מרחוק. פעולה זו נקראת גם "התקנת דלת אחורית" (BackDoor). סוסים טרויאניים אחרים מוגדרים רוגלות, ולפיכך, משמשים לאיסוף מידע (למשל, מספרי כרטיסי אשראי שהמשתמש מקליד) מהמחשב שבו הותקנו ושולחים אותו ליעד מוגדר מראש. סכנה נוספת היא הפיכת המחשב לזומבי באמצעות תוכנת הסוס הטרויאני. מחשב זומבי הוא מחשב הנשלט מרחוק באמצעות המנגנון של תוכנת הסוס הטרויאני. למרות שרוב הזמן מחשב זה מתפקד כרגיל, ניתן להורות לו מרחוק לבצע פעולה בניגוד לרצון בעליו. כאשר מחשב כזה מחובר לרשת, הוא עלול לשמש לביצוע התקפת מניעת שירות, שליחת דואר זבל אלקטרוני וכו'.

ישנם שימושים נוספים לתוכנות סוסים טרויאניים, כמו למשל גניבת סיסמאות והתחזות לבעל המחשב בכניסה לאתרים שונים. תוכנות סוס טרויאני שימשו בישראל לריגול תעשייתי של חברות מפורסמות במשק הישראלי. ב-2013 תועד לראשונה שימוש בסוס טרויאני מסוג "מחסום הצפנה (CryptoLocker)" - תוכנה המביאה להצפנת הקבצים במחשב המותקף, כשבעקבות ההצפנה ואי-היכולת להשתמש באותם קבצים, מופיעה בקשה לתשלום דמי כופר לצורך קבלת קוד לשחרור ההצפנה.