רבים מבין הפילוסופים של המדע בימינו משתמשים במונחים "נטורליזם מתודולוגי" או "נטורליזם מדעי" כדי לתאר את התכונה המהותית והבסיסית של הגישה ואורח המחשבה המדעיים ("השיטה המדעית"), שבהם באה לידי ביטוי ההנחה המתודולוגית, שהאופן הטוב ביותר להבין ולהסביר את התופעות שאנו עדים להן בטבע הוא דרך גילויים והבנתם של חוקי טבע כלליים ואוניברסליים, מבלי לקחת בחשבון את שאלת קיומם או חוסר קיומם של יסודות על־טבעיים. כל ניסיון לחקור או להסביר תופעה הנצפית בטבע תוך שימוש ביסודות על־טבעיים או תוך הנחה שאלה קיימים הוא, לפי הגדרה זו, לא מדעי.

לדוגמה: הטענה, שתוך כדי תהליך היווצרות החיים והתפתחותם האבולוציונית היה מעורב כוח אלוהי (הטענה הבריאתנית או הטענה הקרובה אליה של התכנון התבוני), היא מכורח ההגדרה לעיל לא מדעית.