פסטר אחראי להפרכת תאוריית הבריאה הספונטנית. הוא ביצע ניסויים שהראו כי ללא מקור זיהום, מיקרואורגניזמים אינם יכולים להתפתח במצע כלשהו. בחסות האקדמיה הצרפתית למדעים, הוא הדגים כיצד בצלוחיות מעוקרות וחתומות לא מפתחים חיים אבל בצלוחיות מעוקרות ופתוחות יכולים להתפתח מיקרואורגניזמים. באמצעות שימוש בבקבוק בעל פייה מעוקלת דמויית צוואר ברווז, פסטר הדגים כי חשיפה לאבק שיש באוויר (אשר נושא מיקרואורגניזמים) מעודדת צמיחת מיקרואורגניזמים אבל חשיפה לאוויר עצמו ללא אבק זה, מותירה את המצע נקי מחיידקים.

למרות שפסטר אינו הראשון שהציע את תאוריית החיידקים, הוא פיתח אותה וניהל ניסויים שהדגימו בצורה ברורה את נכונות התאוריה והצליח לשכנע את רוב המדענים באירופה בנכונתה.