המטוס התנגש בחזית המערבית של הפנטגון בשעה 09:37 בבוקר (שעון חוף מזרחי). כל 64 האנשים על המטוס ו-125 מעובדי הפנטגון נהרגו, כולל החוטפים. עשרות אנשים היו עדים להתרסקות וחברות החדשות החלו לדווח על האירוע בתוך דקות מספר. הפגיעה גרמה נזק רב לחלק ממבנה הפנטגון, ולשריפה גדולה. קטע מהפנטגון התמוטט והכבאים עבדו מספר ימים כדי לכבות את הלהבות לחלוטין. הקטע הניזוק נבנה מחדש בשנת 2002, והשימוש במבנה החדש החל ב-15 באוגוסט באותה שנה.

184 הקורבנות מונצחים בפארק זיכרון הסמוך לפנטגון. בפארק 184 ספסלים, אחד עבור כל אחד מהנספים, והם מסודרים לפי שנת הלידה, החל מ-1930 (גיל 71) עד 1998 (גיל 3).