למרות עמדתם המשותפת נגד הכנסייה הממוסדת ומספר עקרונות עליהם הסכימו כולם – עליונות האמונה על המעשה הדתי, ביסוס הנוהג הכנסייתי על כתבי הקודש לבדם ועוד – התקיימו מגוון תפישות בקרב המתקנים, שהראשיות ביניהן התפתחו לנצרות הלותרנית והנצרות הקלוויניסטית. בנוסף לזרם המרכזי, קמו גם קבוצות קיצוניות כמו האנאבפטיסטים. באנגליה, לבשה דחיית סמכות האפיפיור את דמותה המתונה מאוד של הכנסייה האנגליקנית. הפרוטסטנטים צברו אוהדים בנחלות רבות, בעיקר בצפון אירופה, והיבשת נגררה לשורת מלחמות עקובות מדם; במקביל התחוללה בקרב הקתולים תחייה משמעותית, הקונטרה-רפורמציה. שלום וסטפליה ב-1648 מקובל כאירוע שסיים את התהפוכה הדתית. השלכותיה ארוכות הטווח של הרפורמציה, בנוסף להתבססות הפלגים השונים של הנצרות הפרוטסטנטית, התבטאו בתמורות פוליטיות וחברתיות עמוקות ששינו את פניה של אירופה.