אף על פי ששררה ברפובליקה אי-יציבות פוליטית, שבאה לידי ביטוי בשלוש
הפיכות, הרי שלא נלוותה להפיכות אלה שפיכות הדמים שאפיינה מהפכים פוליטיים דומים בצרפת המהפכנית. ההפיכה הראשונה הייתה ב-1798, אחרי שסיעת הדמוקראטים האוניטאריים התרגזה על התקדמותן האיטית של הרפורמות הדמוקרטיות. כעבור כמה חודשים התחוללה הפיכה שנייה שסיימה את הדיקטטורה של האוניטאריים. האסיפה הלאומית, שהתכנסה לראשונה ב-1796, הייתה מפולגת בשל מאבקים בין הסיעות השונות. ההפיכה השלישית התרחשה ב-1801, כשמפקד צרפתי שמרני תפס את השלטון (בתמיכתו של נפוליון) והפך על פיהן את התמורות שחוללה ההפיכה הקודמת ב-1798.