דרכה של הפדרציה לא צלחה. כוחו של השלטון הפדרלי היה מלכתחילה חלש ביותר, מרכיבי הפדרציה נבדלו בתרבותם, מסורתם ושאיפותיהם, וכן פגע בה חוסר איזון בין שתי הפרובינציות הגדולות, ג'מייקה וטרינידד וטובגו לבין השאר, והריחוק הגאוגרפי של המרכיב הגדול ביותר - ג'מייקה. לכל פרובינציה הותר לקיים מערכת מיסוי ומכסים שלה, כך שלא נוצרה אינטגרציה כלכלית בין האיים. את האות לפירוק הפדרציה נתנה ג'מייקה, הגדולה בפרובינציות, שחשה מקופחת מבחינת הכוח הפוליטי ומנוצלת מבחינה כלכלית לעומת המרכיבים האחרים, ולא הייתה מרוצה מקצב ההתקדמות האיטי לעבר עצמאות. בספטמבר 1961 אישרו תושביה במשאל עם את רצונם לפרוש ולהקים מדינה עצמאית. מהלך הפרישה יצא לפועל ב-1962, טרינידד וטובגו, החברה השנייה בגודלה, פרשה בעקבותיה והפכה אף היא למדינה עצמאית. בכך ניטל הטעם מקיומה של הפדרציה ופסו התקוות שתגיע לעצמאות מהירה, ולכן פורקה באופן רשמי במאי 1962 ושמונת מרכיביה הקטנים יותר שנותרו חזרו למעמד של מושבות בריטיות. שבע משמונה המושבות קיבלו בהדרגה את עצמאותן בנפרד בין 1966 ל-1983: ברבדוס, גרנדה, דומיניקה, סנט לושה, סנט וינסנט והגרנדינים, אנטיגואה וברבודה וסנט קיטס ונוויס. מושבה נוספת, מונטסראט, נותרה במעמד טריטוריה בריטית שמעבר לים.

עוד שלושה חלקים של הפדרציה (שלא היו מושבות נפרדות לפני הקמתה ולכן לא היו במעמד של פרובינציה בתוכה) נותרו במעמד של טריטוריה בריטית: איי קיימן ואיי טורקס וקאיקוס שהופרדו מג'מייקה עם קבלת עצמאותה ואנגווילה שהופרדה מסנט קיטס ונוויס ב-1980.