קנאן ייסד ב-1947 את האגף לתכנון מדיניות (Policy Planning Staff) במחלקת המדינה של ארצות הברית והיה הראשון לעמוד בראשו. הגישה שהציע בכתביו בסוף שנות הארבעים עמדה במרכזה של דוקטרינת טרומן, מדיניות החוץ של ארצות הברית שמטרתה הייתה בלימה (containment) של ההתפשטות הסובייטית. הוא המשיך לעסוק בענייני המלחמה הקרה כל ימי חייו, ונחשב לבר סמכא בתחום.

ב"מברק הארוך" ששלח ממוסקבה ב-1946 ובמאמר "The Sources of Soviet Conduct" שכתב שנה לאחר מכן, הוא טען כי המשטר הסובייטי שואף מטבעו להתפשט ולהרחיב את מעגל השפעתו. ארצות הברית הייתה חייבת, אם כן, לבלום את ההתפשטות במקומות שבהם היא מתנגשת עם האינטרס האסטרטגי שלה. אלו היו הטקסטים שביסודה של המדיניות האמריקאית במלחמה הקרה. מעבר לתרומתו התאורטית, היה לקנאן גם תפקיד בהוצאתן לפועל של תוכניות מעשיות, שהידועה שבהן היא תוכנית מרשל.