בהוראות הפיקוד העליון "מטכ"ל - אגף התכנון" מיולי 1998 מוגדר אגף התכנון כ"אגף במטה הכללי, המהווה חלק בלתי נפרד מאגף מטה כללי (אג"ם) ומשמש גם כאגף התכנון של זרוע היבשה". ייעודו של אג"ת:

1. להוות את גוף התכנון והארגון המרכזי במטה הכללי בנושאים אלה: הניתוח והתכנון האסטרטגי; בניין הכוח ופריסתו; תיאום ההספקה מחו"ל בשעת חירום; ארגון הצבא; תכנון והמלצה על הקצאת התקציב וחלוקת המשאבים, כולל תקינת כוח אדם ואמצעים והקצאתם; גיבוש המדיניות הכוללת לקשרי החוץ הצבאיים; ותשתית ביטחונית-לאומית.
2. לרכז את עבודות המטה בתחום התכנון הרב-שנתי ותוכנית העבודה השנתית של צה"ל, ולכוון את גופי המטכ"ל ואת גופי צה"ל האחרים בנושאים אלה.
3. להוות גוף תכנון עבור משרד הביטחון בתחומים שיגדירו הרמטכ"ל ושר הביטחון, ובידיעה מראש של מנכ"ל משרד הביטחון.