L'épigénisation est le remplacement d'un corps chimique (cristaux, matière organique) par un autre, avec dissolution préalable ou avec simple échange par diffusion, tout en conservant la morphologie initiale dans le détail, voire les structures internes d'origine, cellulaires ou cristallines. Par exemple, l'épigénisation en pyrite d'ammonites, la silicification de bois fossiles, la transformation de fossiles calcaires en barytine (ex: Le Payré, Vendée), etc.