Não obstante, havia outras questões mais profundas que giravam tanto em torno da teologia quanto da política. No plano político, Lutero havia desafiado a autoridade absoluta do papa sobre a Igreja, ao afirmar que a venda de indulgências, autorizada e promovida pelo papa, estava errada. No nível teológico, Lutero afirmou que a salvação era alcançada somente pela fé (sola fide), e não através dos mecanismos jurídicos da Igreja, ou por que as pessoas fizessem por merecê-la. Ele também desafiou a autoridade da Igreja, ao afirmar que todas as doutrinas e dogmas devem ser compatíveis com os ensinamentos da Escritura (sola scriptura).

Para proteger a autoridade do papa e da Igreja, bem como para manter rentável a venda de indulgências, os oficiais da igreja convenceram Carlos V que Lutero era uma ameaça e a autorizar a sua condenação pelo Império. Lutero escapou à prisão e permaneceu em isolamento no castelo de Wartburg por vários anos, onde continuou a escrever e traduzir a Bíblia para o alemão.